Elle naît le 31 août 1830 à Nantes dans une famille de royalistes légitimistes qui soutient la duchesse de Berry. Elle connaît jusqu’en 1840 une vie errante avec ses parents. A cette date la famille s’installe au Mans où Clémence est envoyée dans un couvent pour y faire ses études. Elle est alors attirée par le mysticisme. La famille revient à Paris en 1843. C’est dans cette ville qu’elle va vivre la Révolution de 1848, s’éloigner définitivement de la religion et devenir républicaine.

La mort de son père en 1849 l’oblige à gagner sa vie. Elle devient gouvernante d’enfants d’abord en Angleterre puis dans un château de Touraine où elle va dévorer les livres notamment les philosophes des Lumières. En 1860 elle part s’installer en Suisse dans une ferme située près de Lausanne. Elle retrouve le lieu où elle a déjà vécu avec ses parents. Elle mène une vie de paysanne pauvre mais elle est rapidement connue grâce aux cours de logique qu’elle donne aux femmes de Lausanne. Ses idées effraient notamment quand elle dit que l’homme est un animal. Elle poursuit alors ses cours dans d’autres villes.

A Lausanne elle a connu un économiste Pascal Duprat avec lequel elle assiste en 1863 au Congrès International des Sciences sociales à Gand. La même année elle participe à un concours organisé par le canton de Vaud et traite de « l’impôt ou la dîme sociale » Elle partage le premier prix avec Proudhon. Elle épouse Pascal Duprat dont elle a un fils René.

Sa renommée s’étend. Elle écrit et publie. La mort de son époux en 1885 la laisse démunie et sans ressources. Elle a alors une vie misérable. Elle devra à l’aide de Mme Léopold Lacour d’être admise dans une maison de retraite où elle meurt le 6 février 1902. Son fils décède le 11 novembre de la même année au Tonkin.

L’oeuvre de Clémence Royer est d’une grande richesse. Scientifique reconnue elle a traduit en 1862 l’oeuvre de Darwin mais sa recherche est allée bien au delà. A partir de 1859 elle a élaboré la théorie de la substance cosmique formée d’éléments atomiques fluides. Elle a complété avec des travaux sur la préhistoire.

L’essentiel de ceux-ci porte sur l’homme. Elle fait oeuvre de sociologue mais c’est la condition des femmes qui l’intéresse le plus. Elle montre avec clarté l’injustice et l’inégalité de sa condition, participe au mouvement féministe où elle rencontre Maria Deraismes, Marie Bonnevial. Eloignée de toute religion elle affirme la condamnation des dogmes. Sa religion, dit-elle, est la Vérité.

Elle est un des membres fondateurs du Droit Humain en 1893. Elle est Vénérable d’honneur de la loge mixte. Certes elle est âgée et se déplace difficilement. Aussi Albert Lantoine s’est interrogé sur sa présence aux réunions. La question est ailleurs. Frédéric Desmons, au nom du GODF, dit d’elle le jour de ses obsèques « Qui plus que Clémence Royer était digne d’appartenir à la Franc- Maçonnerie ? » La célébration de son centenaire en 1930 a mis en évidence la qualité et la grandeur, et de sa personnalité et de son oeuvre.